Um ein Favicon einzubinden, welches vor der URL im Browser und in den Bookmarks angezeigt wird, kann man folgende Zeile im SETUP-Feld einfügen:

page.shortcutIcon = fileadmin/favicon.ico 

Der Pfad muss natürlich ggf. angepasst werden und die verwiesene Datei muss eine gültige ICO-Datei sein.

Update für TYPO3 4.5:

Offenbar klappt die Einbindung wie oben nicht mehr mit neueren TYPO3-Versionen. Eine andere Möglichkeit der Einbindung eines Favicons ist:

page.headerData.333 = TEXT
page.headerData.333.value (
    <link rel="shortcut icon" href="http://domain.de/fileadmin/favicon.ico" type="image/x-icon" />
)